Lo stesso sistema ha caratterizzato la dominazione dello Stato Pontificio dal 1598 fino all'Unità d'Italia, con la breve parentesi del periodo napoleonico in cui il Comune potè acquistare le valli dalla Repubblica francese. L'attuale struttura urbanistica del centro storico e i più bei monumenti della città si devono all'intervento del cardinali legati nei secoli XVII e XVIII che diedero l'impulso alla trasformazione di un villaggio di legno e canne in una città di pietra. Dopo l'Unità d'Italia il Comune rientrò in possesso delle valli ed ebbe la facoltà, dopo secoli di interdizione, di produrre il sale. L'epoca contemporanea ha visto la bonifica di gran parte delle valli, la scoperta dei resti della città di Spina, l'arrivo dell'acquedotto in una città priva di falde acquifere alla quale l'acqua veniva in passato fornita con il trasporto su barche, il grande impulso del turismo balneare, naturalistico e culturale.